Au temps des pyramides, les Égyptiens en consommaient déjà, mais il est probable que ce soientt les marins phéniciens qui aient fait connaitre ce produit tout autour de la Méditerranée.

L'origine du nom vient du provençal de norme mistralienne « boutargo » (ou botarga selon la norme classique), et de l'arabe boutharkha ou bitarikha, qui signifie « œufs de poisson salés et séchés », nom lié lui-même à la racine verbale battarikh (بطارخ) (« conserver dans de la saumure»). Cette même racine arabe est à l’origine des vocables italien bottarga et espagnol botarga notamment..

En France, c'est une spécialité de la ville de Martigues (le « caviar martégal »). On la trouve également dans quelques pays du pourtour méditerranéen comme l'Italie (bottarga), la Turquie, la Grèce ou la Tunisie. Les Japonais en sont très friands et la connaissent sous le nom de « kasumi » ou karasumi-ko 

A l'instar du caviar, la poutargue est devenu un mets recherché et cher. Face à la demande pour ce produit, les poches d'œufs sont souvent importées depuis la Mauritanie, le Sénégal et le Brésil. Actuellement, les poissons mulets sont victimes de la surpêche, ce qui a fait de la poutargue un produit de luxe.